Журнал учреждён Новосибирским государственным университетом и издаётся им с 2006 года. Ключевая роль в организации его издания принадлежит профессорскому составу кафедр физического факультета НГУ. Значительный вклад в становление журнала внесли также научные сотрудники научно-исследовательских институтов Сибирского отделения РАН физического и физико-технических направлений. В период с 2006 по 2016 год журнал издавался под названием «Вестник НГУ. Серия: Физика». В 2016 году журнал зарегистрирован в ФС по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций под названием «Сибирский физический журнал» (свидетельство ПИ № ФС77-66100 от 10.06.2016 г.).